Chùa Từ Đàm nằm trên dốc Nam Giao, quay mặt về hướng Nam, ở số 01 đường Sư Liễu Quán, phường Trường An. Đây là nơi nhà sư Minh Hoằng Tử Dung dựng thiền thất để tu khi mới từ Quảng Đông (Trung Hoa) sang Thuận Hóa, dần dần được mở rộng, nâng cấp thành chùa. Năm 1703, chùa được chúa Nguyễn Phúc Chu ban biển ngạch “Sắc tứ Ấn Tông Tự”. Tại đây, nhà sư Liễu Quán đã học đạo với sư thầy Minh Hoằng và mở ra dòng Thiền Việt Nam ở xứ Đàng Trong. 
Khuôn viên chùa rộng khoảng 15.000m2. Cổng tam quan cao lớn nhưng đơn giản, các mặt đều có la thành bao bọc. Sân chùa rộng, có cây bồ đề lớn, được chiết cành từ nơi Phật Thích Ca thành đạo ở Ấn Độ, do bà Karpeies, Hội trưởng Hội Phật học Pháp tặng năm 1936; phía Tây có bảo tháp 7 tầng mới xây dựng đầu thế kỷ XXI; phía Đông mặt sân thấp hơn hẳn, là nơi có ngôi nhà dài hai tầng, dùng làm giảng đường và văn phòng của Giáo hội Phật giáo tỉnh Thừa Thiên Huế. Tiền đường và chính điện cũng mới được xây dựng lại theo mô thức tương tự chùa cũ, nhưng quy mô lớn hơn. Giữa chùa và nhà khách, nhà thiền là vườn hoa và cây cảnh, có tượng cư sĩ Tâm Minh Lê Đình Thám, người có đóng góp lớn trong phong trào chấn hưng Phật giáo ở Huế và gắn bó với ngôi chùa Từ Đàm, mới được dựng khi tái thiết chùa.
Chùa còn lưu giữ bức hoành “Sắc tử Ấn Tông Tự” với lạc khoản “Thiên vận Quý Mùi sơ xuân cát đán” (1703) do chúa Nguyễn Phúc Chu ban, bức hoành “Từ Đàm Tự” lạc khoản “Thiệu Trị nguyên niên” (1841) và quả đại hồng chung khắc “Gia Long tuế thứ Quý Dậu niên mạnh hạ tam thập nhật Mùi thời chú”.